Pendidikan Pondok Pesantren Islam Al Iman Muntilan menekankan pada pembentukan pribadi mukmin muslim yang berbudi tinggi, berbadan sehat, berpengetahuan luas dan berpikiran bebas.
Dengan sistem pendidikan berasrama (boarding school) yang terpadu selama 24 jam, proses pembelajaran, disiplin dan prestasi santri dapat dilaksanakan secara maksimal. Pesantren tidak hanya menanamkan aspek kognitif, tetapi juga afektif dan psikomotorik. Pesantren tidak hanya mengasah kecerdasan otak dan ketrampilan tangan, tetapi juga kekuatan mental dan kecerdasan spiritual
“Tahapan pertama dalam mencari ilmu adalah mendengarkan, kemudian diam dan menyimak dengan penuh perhatian, lalu menjaganya, lalu mengamalkannya, dan kemudian menyebarkannya.”
Dengan sistem ini diharapkan santri bisa menjadi insan yang berilmu, berkepribadian utuh berdaya saing dan siap melanjutkan ke jenjang pendidikan selanjutnya serta berperan aktif dalam sosial dakwah.
Kurikulum yang diselenggarakan di Pondok Pesantren Al Iman Muntilan terbagi atas intra kurikuler, ko-kurikuler dan ekstra kurikuler.
Intra kurikuler merupakan kegiatan yang melibatkan tenaga pengajar secara langsung dengan sistem klasikal. Ko-Kurikuler merupakan kegiatan tambahan santri (muatan lokal) yang wajib diikuti seperti muhadoroh tiga bahasa, kepramukaan, pelatihan komputer, keputrian dll. Sedangkan ekstra kurikuler merupakan kegiatan yang boleh dipilih oleh santri dengan tidak mengesampingkan intra maupun ko-kurikuler.
Dalam perjalanannya,kurikulum Pondok Pesantren Al Iman Muntilan senantiasa mengikuti dan mengadaptasikan diri dengan perkembangan kurikulum nasional, seperti telah dilkasanakannya K-13 yang hingga kini telah berjalan selama 5 tahun pelajaran.
Terakreditasi A SK. Badan Akreditasi Nasional. Program ini diperuntukkan bagi siswa lulusan Sekolah Dasar (SD) atau Madrasah Ibtida’iyah (MI) dengan masa pendidikan selama enam tahun, yakni ditempuh dari kelas satu berurutan sampai kelas enam.
Terakreditasi B SK. Badan Akreditasi Sekolah. Program ini diperuntukkan bagi seluruh santri Pondok Pesantren Al Iman Muntilan yang melanjutkan studinya pada jenjang pendidikan SMA-nya di Pondok Pesantren Al Iman Mutilan dan santri pindahan dari Pondok Pesantren lain dengan terlebih dahulu mengikuti tes akademik yang telah ditentukan. Pada jenjang ini ada dua jurusan pendidikan yang dipilih oleh santri yaitu jurusan IPA (Ilmu Pengetahuan Alam), jurusan IPS (Ilmu Pengetahuan Sosial).
Tenaga Pengajar / Guru yang mengajar pelajaran Agama merupakan lulusan dari berbagai Pondok Pesantren di Indonesia seperti Pondok Pesantren Al Iman Muntilan, Pesantren Pabelan, Pondok Pesantren Assalaam Sukoharjo, Darunnajaah Jakarta, Pondok Modern Gontor, dll. dan berbagai Perguruan Tinggi Agama Islam seperti UIN Sunan Kalijaga, UIN Walisongo, IAIN Salatiga, Al Azhar Cairo dll.
Sementara untuk tenaga pengajar pelajaran umum merupakan lulusan berbagai perguruan tinggi terkemuka di Indonesia seperti UIN Sunan Kalijaga, Universitas Diponegoro, Universitas Negeri Yogyakarta, Universitas Muhammadiyah Surakarta, Universitas Muhammadiyah Yogyakarta, Universitas Muhammadiyah Magelang, Universitas Ahmad Dahlan dll.