Kesantrian
Pendidikan Santri
Dengan sistem asrama, para santri bisa berinteraksi dengan para guru secara lebih efektif dan produktif. Selain itu, santri dapat sepenuhnya terwarnai oleh program-program pendidikan pondok sehingga diharapakan bisa terjaga dari pengaruh kultur yang kurang dan bahkan tidak mengandung nilai-nilai pendidikan. Sistem asrama juga mendidik santri dalam hal kemandirian, kepemimpinan, persaudaraan, dan kemampuan bersosialisasi dengan teman-temannya yang memiliki latar belakang budaya dan suku yang beraneka ragam
Pembentukan karakter adalah inti pendidikan pesantren
Pendidikan Pondok Pesantren Islam Al Iman Muntilan berkomitmen pada pembentukan karakter para santri, sebagai kader-kader masa depan dengan akhlak luhur (akhlakul karimah), di samping bekal keahlian yang cukup.
Pendampingan dan pengawasan 24 jam
Para santri Ponpes Islam Al Iman Muntilan senantiasa mendapat bimbingan dan pengawasan ustadz/ustadzah sehingga dapat semaksimal mungkin terproteksi dengan baik dan berhasil melewati proses pendidikan hingga hari kelulusan
Majelis Pengasuhan Santri
Majelis Pengasuhan dalam skema struktur organisasi Pondok Pesantren Islam Al Iman Muntilan adalah Biro Pengasuhan Santri Putra dan Biro Pengasuhan Santri Putri.
Majelis Pengasuhan di Pondok Pesantren Islam Al Iman Muntilan dibagi dalam dua wilayah kerja, untuk peningkatan disiplin dan kontrol santri putra dibawah koordinasi Biro Pengasuhan Putra sedangkan peningkatan dan pengawasan disiplin santri putri dibawah koodinasi Biro Pengasuhan Putri.
Tugas lembaga ini mencakup kehidupan santri diluar jam sekolah, adapun tugas utama lembaga ini adalah mengatur aktivitas kehidupan santri diasrama selama 24 jam.ada dua hal pokok yang menjadi tugas lembaga pengasuhan ini yaitu ; sebagai pembina organisasi santri OSPIA dan Pramuka dan sebagai pembina dan penegak disiplin santri.
Kehidupan santri Pondok Pesantren Islam Al Iman Muntilan selama 24 jam tidak lepas dari disiplin baik itu disiplin ubudiah, bahasa ataupun seluruh aktivitas santri sehari-hari. Oleh karenanya Majelis Pengasuhan menjadi sentra dalam pengendalian disiplin santri. Dan sebagai pengejewantahan wewenang tersebut majelis pengasuhan dibantu oleh Organisasi Santri yaitu Organisasi santri OSPIA Putra dan OSPIA Putri serta pramuka Islam Al Iman Muntilan. Dalam menegakan disiplin santri Majelis Pengasuhan lebih menekankan pada kesadaran akan pentingnya hidup berdisiplin dan tindakan-tindakan pencegahan dan menghilangkan sanksi phisik dengan demikian diharapkan seluruh santri menyadari betul akan penting hidup dengan disiplin, kesadaran yang terlahir benar-benar dari hati nurani seluruh santri dan bukan karena unsur keterpaksaan didalamnya.
Agar lebih intensif dan efektif dalam penanganan disiplin santri majelis Pengasuhan mendelegasikan wewenangnya kepada beberapa sub bagian yang ada dalam otoritasnya, sehingga proses bimbingan akan sangat cepat dirasakan seluruh santri tanpa melupakan fungsi koordinasi antar bagian dalam wilayah kerja Biro Pengasuhan Santri.
Pola Pendidikan
Pola pendidikan Pondok Pesantren Islam Al Iman Muntilan mengacu pada dua hal yaitu jalur asuh dan jalur ajar. Pendidikan dengan jalur asuh adalah pola pendidikan santri yang berkaitan dengan semua kegiatan dan kehidupan disiplin santri diluar jam sekolah atau dengan diskripsi lain jalur asuh bisa dikatakan sebagai pola pendidikan santri didalam asrama, sedangkan jalur ajar itu sendiri adalah pola pendidikan santri selama didalam kelas yang berkaitan dengan kegiatan belajar mengajar dan disiplin sekolah. Majelis Pengasuhan pada posisi ini berfungsi sebagai fungsi kontrol atau pengawas pada pola pendidikan jalur asuh. Dan pada dasarnya pola pendidikan intra atau ekstrakurikules sekalipun merupakan satu kesatuan yang saling berkaitan satu sama lainya dan terintegrasi pada satu sistem pendidikan dan pengajaran yang terpadu.